COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 6.024495 6.024495 5.451478
2021-05-30 17:00:00 5.381092 5.381092 5.501680
2021-05-29 17:00:00 4.844236 4.844236 5.524883
2021-05-28 17:00:00 5.163768 5.163768 5.591861
2021-05-27 17:00:00 5.687444 5.687444 5.700106
2021-05-26 17:00:00 5.079672 5.079672 5.781552
2021-05-25 17:00:00 4.623946 4.623946 5.838238

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 4.658385 1.458435 4.501031
2021-05-30 17:00:00 5.263158 5.263158 4.659435
2021-05-29 17:00:00 5.334627 5.334627 4.768749
2021-05-28 17:00:00 4.261645 4.261645 4.937453
2021-05-27 17:00:00 5.079365 6.130268 5.055957
2021-05-26 17:00:00 6.208843 6.208843 5.187751
2021-05-25 17:00:00 2.962963 2.962963 5.160876

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 8.219178 13.333333 12.452166
2021-05-30 17:00:00 7.949791 7.949791 12.426256
2021-05-29 17:00:00 10.747664 10.747664 12.571520
2021-05-28 17:00:00 18.210863 18.210863 12.708474
2021-05-27 17:00:00 13.022113 13.022113 12.731395
2021-05-26 17:00:00 13.121272 13.121272 12.793488
2021-05-25 17:00:00 10.288066 10.288066 12.930691

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 4.726368 4.726368 5.457544
2021-05-30 17:00:00 7.037975 7.037975 5.473849
2021-05-29 17:00:00 5.789990 5.789990 5.483506
2021-05-28 17:00:00 4.502573 4.502573 5.653399
2021-05-27 17:00:00 6.661865 6.661865 5.917092
2021-05-26 17:00:00 6.231003 6.231003 6.086426
2021-05-25 17:00:00 3.840925 3.840925 6.116461

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 9.299280 3.844852 5.104531
2021-05-30 17:00:00 5.404267 5.404267 5.234916
2021-05-29 17:00:00 4.015528 4.015528 5.303219
2021-05-28 17:00:00 6.497752 6.497752 5.397964
2021-05-27 17:00:00 5.692012 5.692012 5.578039
2021-05-26 17:00:00 5.364283 5.364283 5.665097
2021-05-25 17:00:00 5.516685 5.516685 5.763391

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 18.359375 18.359375 12.043893
2021-05-30 17:00:00 11.156782 11.156782 12.073158
2021-05-29 17:00:00 12.556054 12.556054 11.933602
2021-05-28 17:00:00 11.476868 11.476868 12.296616
2021-05-27 17:00:00 12.301216 12.301216 12.704577
2021-05-26 17:00:00 8.665377 8.665377 12.782082
2021-05-25 17:00:00 6.945643 6.945643 12.851224

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 1.709402 2.360435 2.289365
2021-05-30 17:00:00 2.784603 2.784603 2.281789
2021-05-29 17:00:00 3.830645 2.288984 2.285713
2021-05-28 17:00:00 1.474719 1.474719 2.319810
2021-05-27 17:00:00 2.588235 2.588235 2.367434
2021-05-26 17:00:00 2.061856 2.061856 2.424450
2021-05-25 17:00:00 2.439024 2.439024 2.482112

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 6.432599 7.726807 3.687452
2021-05-30 17:00:00 4.256622 4.256622 3.650253
2021-05-29 17:00:00 3.857753 3.857753 3.560353
2021-05-28 17:00:00 2.972484 2.972484 3.520499
2021-05-27 17:00:00 3.579574 3.579574 3.513591
2021-05-26 17:00:00 2.578030 2.578030 3.458760
2021-05-25 17:00:00 2.464789 2.464789 3.396482

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 4.071970 2.289060 3.081499
2021-05-30 17:00:00 2.928571 2.928571 3.093204
2021-05-29 17:00:00 3.687050 3.687050 3.121368
2021-05-28 17:00:00 3.473302 3.473302 3.139229
2021-05-27 17:00:00 2.625938 2.625938 3.260500
2021-05-26 17:00:00 3.741153 3.741153 3.352213
2021-05-25 17:00:00 2.485457 2.485457 3.435857

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 2.346250 4.451215 4.303936
2021-05-30 17:00:00 3.772652 3.772652 4.367667
2021-05-29 17:00:00 4.187209 4.187209 4.432156
2021-05-28 17:00:00 4.531121 4.531121 4.511988
2021-05-27 17:00:00 5.162778 5.162778 4.652730
2021-05-26 17:00:00 5.070809 5.070809 4.773618
2021-05-25 17:00:00 4.389777 4.389777 4.855511

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 11.086475 3.307972 5.657804
2021-05-30 17:00:00 5.339486 5.339486 5.699066
2021-05-29 17:00:00 5.511288 5.511288 5.829434
2021-05-28 17:00:00 6.109134 6.109134 6.105884
2021-05-27 17:00:00 8.195849 8.195849 6.407104
2021-05-26 17:00:00 6.629834 6.629834 6.528102
2021-05-25 17:00:00 5.707932 5.707932 6.639967

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 0.000000 0.000000 1.189270
2021-05-30 17:00:00 1.419878 1.419878 1.209780
2021-05-29 17:00:00 0.537634 0.537634 1.205612
2021-05-28 17:00:00 1.633987 1.633987 1.256775
2021-05-27 17:00:00 2.217742 2.217742 1.271147
2021-05-26 17:00:00 2.008929 2.008929 1.313480
2021-05-25 17:00:00 0.282486 0.282486 1.304707

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 3.666667 3.666667 6.935245
2021-05-30 17:00:00 8.450704 8.450704 7.079159
2021-05-29 17:00:00 4.857820 4.857820 6.912922
2021-05-28 17:00:00 7.324365 7.324365 6.969793
2021-05-27 17:00:00 9.190672 9.190672 7.054137
2021-05-26 17:00:00 8.439898 8.439898 7.249168
2021-05-25 17:00:00 4.968944 4.968944 7.440348

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 6.849315 1.308901 3.682826
2021-05-30 17:00:00 4.204204 4.204204 3.915310
2021-05-29 17:00:00 3.269755 3.269755 3.892886
2021-05-28 17:00:00 4.901961 4.901961 3.935044
2021-05-27 17:00:00 5.221339 5.221339 4.018482
2021-05-26 17:00:00 4.433498 4.433498 4.180459
2021-05-25 17:00:00 3.370787 3.370787 4.270977

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 5.287453 5.287453 4.911288
2021-05-30 17:00:00 6.535764 6.535764 5.020101
2021-05-29 17:00:00 2.903917 2.903917 5.154133
2021-05-28 17:00:00 4.704890 4.704890 5.330727
2021-05-27 17:00:00 5.654649 5.654649 5.525436
2021-05-26 17:00:00 6.258941 6.258941 5.800017
2021-05-25 17:00:00 5.873526 5.873526 6.025061

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 10.357403 10.357403 14.533428
2021-05-30 17:00:00 19.230769 53.418803 14.725663
2021-05-29 17:00:00 22.194719 22.194719 14.820691
2021-05-28 17:00:00 9.157509 9.157509 14.881338
2021-05-27 17:00:00 16.608997 16.608997 15.175998
2021-05-26 17:00:00 9.825871 9.825871 15.631492
2021-05-25 17:00:00 13.276956 13.276956 15.671513

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 2.253521 0.987350 1.656982
2021-05-30 17:00:00 3.397508 3.397508 1.664829
2021-05-29 17:00:00 1.158504 1.158504 1.676002
2021-05-28 17:00:00 2.666667 1.435897 1.739029
2021-05-27 17:00:00 1.590909 1.590909 1.794541
2021-05-26 17:00:00 2.094886 2.094886 1.885898
2021-05-25 17:00:00 1.730532 1.730532 1.992124

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 6.510220 9.500379 6.859642
2021-05-30 17:00:00 8.149883 8.149883 6.850970
2021-05-29 17:00:00 6.973374 6.973374 6.739303
2021-05-28 17:00:00 6.206385 6.206385 6.626076
2021-05-27 17:00:00 6.465226 6.465226 6.513885
2021-05-26 17:00:00 5.207610 5.207610 6.529142
2021-05-25 17:00:00 5.530776 5.530776 6.444722

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 5.666924 2.332778 3.657414
2021-05-30 17:00:00 4.166007 4.166007 3.819176
2021-05-29 17:00:00 3.054834 3.054834 3.926929
2021-05-28 17:00:00 4.101935 4.101935 4.060472
2021-05-27 17:00:00 4.330121 4.330121 4.282784
2021-05-26 17:00:00 4.260238 4.260238 4.421883
2021-05-25 17:00:00 3.418124 3.418124 4.539822

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 3.636364 0.994200 5.817547
2021-05-30 17:00:00 11.977186 11.977186 5.838291
2021-05-29 17:00:00 4.304636 4.304636 5.862073
2021-05-28 17:00:00 10.031847 10.031847 5.937009
2021-05-27 17:00:00 3.980100 3.980100 5.997308
2021-05-26 17:00:00 4.915730 4.915730 6.039783
2021-05-25 17:00:00 7.227332 7.227332 6.212794

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 38.461538 38.461538 10.412108
2021-05-30 17:00:00 11.188811 11.188811 10.030228
2021-05-29 17:00:00 12.865497 12.865497 10.052546
2021-05-28 17:00:00 3.361345 3.361345 9.870268
2021-05-27 17:00:00 8.139535 8.139535 9.889175
2021-05-26 17:00:00 7.964602 7.964602 9.959359
2021-05-25 17:00:00 13.548387 13.548387 9.773169

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-31 17:00:00 4.803843 7.053101 7.886871
2021-05-30 17:00:00 7.132668 7.132668 7.913425
2021-05-29 17:00:00 7.197383 7.197383 8.002462
2021-05-28 17:00:00 8.076923 8.076923 8.179305
2021-05-27 17:00:00 8.962963 8.962963 8.359367
2021-05-26 17:00:00 6.052694 9.684770 8.578045
2021-05-25 17:00:00 6.129530 6.129530 8.788863

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.658385 1.458435 4.501031
Basilicata 8.219178 13.333333 12.452166
Calabria 4.726368 4.726368 5.457544
Campania 9.299280 3.844852 5.104531
Emilia-Romagna 18.359375 18.359375 12.043893
Friuli Venezia Giulia 1.709402 2.360435 2.289365
Lazio 6.432599 7.726807 3.687452
Liguria 4.071970 2.289060 3.081499
Lombardia 2.346250 4.451215 4.303936
Marche 11.086475 3.307972 5.657804
Molise 0.000000 0.000000 1.189270
P.A. Bolzano 3.666667 3.666667 6.935245
P.A. Trento 6.849315 1.308901 3.682826
Piemonte 5.287453 5.287453 4.911288
Puglia 10.357403 10.357403 14.533428
Sardegna 2.253521 0.987350 1.656982
Sicilia 6.510220 9.500379 6.859642
Toscana 5.666924 2.332778 3.657414
Umbria 3.636364 0.994200 5.817547
Valle d'Aosta 38.461538 38.461538 10.412108
Veneto 4.803843 7.053101 7.886871

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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